Das Jahr 1933 und die Machtübernahme durch die Nationalsozialisten in Deutschland ging auch an der Seckenhausener Wehr nicht spurlos vorüber. Die Gemeindebrandmeister wurden nun zu „Wehrführern“. Die Disziplin innerhalb der Wehr wurde durch neue Erlasse und Verordnungen verschärft und das einzelne Mitglied der Freiwilligen Feuerwehr wurde verpflichtet, für NS-Organisationen zu werben, zu sammeln und zu spenden. Zu den offiziell angeordneten Aufmärschen zum 1. Mai nahm sich nun die NSDAP das Recht, auch die Freiwillige Feuerwehr Seckenhausen zur Teilnahme aufzufordern.
1937 kam es zu einem Wechsel in der „Wehrführung“ von Seckenhausen. Hermann Pfalzgraf stellte aus Altersgründen sein Amt zur Verfügung und Julius Warneke wurde eingesetzt. Da Julius Warneke für eine Zeit die Feuerwehrschule in Celle besuchte, wurde er durch Georg Eggers und Heinrich Burhop vertreten. Auch Friedrich Danekes Name findet sich 1939 zeitweise in der Liste der Feuerwehrführer von Seckenhausen. Von 1941 an findet sich dann wieder der Name von Julius Warneke unter den Antwortschreiben an den Kreisführer Lahrs in Lahausen.
Mit dem Ausbruch des Krieges am 1. 9.1939 mußten monatliche Lageberichte an den Kreiswehrführer geschickt werden. Damit sollte jederzeit ein Überblick über die Stärke in den einzelnen Wehren ermöglicht werden, da die Wehrmacht durch ihre Anforderungen die Mannschaftsstärke in den Wehren veminderte. Für Seckenhausen werden 1939 noch 22 aktive Feuerwehrleute und 8 dienstfähige Männer der Altersabteilung aufgeführt. Ein Fragebogen vom 10. Mai 1938 verzeichnet dagegen noch 40 aktive Mitglieder für Sekkenhausen. Auch in den Jahren 1941 und 1942 änderte sich diese Situation nicht. Die Sollstärke wurde mit 41 und die Iststärke mit 26 bzw. 27 Mitgliedern angegeben.
1943 wurde offensichtlich die Diensttauglichkeit innerhalb der Wehren erneut überprüft. Die UK-Stellung, d.h. „unabkömmlich“/für die Wehrmacht nicht verfügbar, mußten beim Landratsamt erneut schriftlich abgesichtert werden. Auch wurden bei den Wehren Entgiftungstrupps eingerichtet, die eigens durch den „Kreischemiker“ geschult werden mußten.
Am 28. Januar 1943 mußten alle 26 Mitglieder der Freiwilligen Feuerwehr Seckenhausen durch ihre Unterschrift bestätigen, daß sie über die Tatsache belehrt worden waren, nun der SS- und der Polizeigerichtbarkeit während des Feuerwehrdienstes zu unterstehen. Sie wurden damit Teil der Feuerschutzpolizei.
Im Herbst 1943 werden Ergänzungskräfte für den Notdienst bei der Feuerwehr ausgebildet. Am 1. Februar 1944 sollten 50 % der noch vorhandenen Kräfte durch ausgebildete Reserven ersetzt werden können. Es war auch an die Ausbildung von Frauen gedacht worden. Ob eine Heranziehung zu diesem Notdienst auch in Seckenhausen erfolgt ist, konnte aus den Unterlagen nicht entnommen werden. Wahrscheinlich ist es jedoch nicht erforderlich gewesen.
Ab 1943 wurde für die Wehr von Seckenhausen neben der „normalen“ Brandbekämpfung der Einsatz zur Bekämpfung von Bombenschäden oder von Bränden, die durch Phosphorbomben hervorgerufen wurden, immer bedeutender. 1944 wurden dafür nochmals spezielle Schulungen angesetzt. Im gleichen Jahr wurden die Dienstgradbezeichnungen der Feuerwehr geändert und der Polizei angeglichen. Ab Herbst 1944 wurden für Seckenhausen Dienstpläne erstellt, die rund um die Uhr gingen. Für jeweils 2 Stunden war ein Mitglied der Wehr für die Organisation der Brandbekämpfung zuständig. Gedacht war in erster Linie an die Brände, die durch Bombenabwürfe entstehen konnten. Daran läßt sich leicht ablesen, daß die Gefahr für Sekkenhausen enorm zugenommen haben muß
Für 1945 erging nochmals ein Aufruf zur Überprüfung der Gasmasken. Vielleicht ist bei der militärischen Führung mit einem massiven Einsatz von Giftgas durch die Alliierten zur rascheren Beendigung des Krieges gerechnet worden. Im April/Mai 1945 scheint sich die Wehr in den allgemeinen Wirren des Kriegsendes zunächst aufgelöst zu haben.